你的lncRNA是否因SNP而发挥了不同的作用?导致预后的不同?
组会上,小哈遇到莫医生,盯上了莫医生手里那40多个肿瘤样品的lncRNA-seq数据。
小哈最近在搞lncRNA的SNP分析,有些lncRNA上的SNP位点影响了其二级结构,使其结合到蛋白质或miRNA的能力发生改变,亮瞎眼的作用机制哇!
莫医生手里那40多个肿瘤样品,已经做了lncRNA-seq,里面是否存在GWAS tagSNP位点?跟临床follow-up数据结合起来分析,找到某个lncRNA的SNP位点跟预后有相关性,就太牛X了~~~
风师姐把正在忽悠莫医生合作的小哈拉过来,你先别管那高通量的,来看看我手里这一个lncRNA,上面有没有SNP位点,我想在肿瘤组织里检测一下,看看跟预后有没有什么联系,也许能够成为新的biomarker呢!!!我手里这些临床样品的预后信息都很准确的呦~~
如何查找某个lncRNA上的SNP位点?
有个大而全的lncRNASNP数据库
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP/
收录了人和小鼠3万多条lncRNA上的SNP,包括人的495 729个和小鼠777 095 SNP位点。其中142个人lncRNA的SNP是GWAS的tagSNP,197827个lncRNA的SNP在GWAS连锁区域。
点击SNP ID,其中rs1054626位于GWAS连锁区,附近有一个tagSNP rs12750249。
点击Pubmed下面那个链接到这篇paper:
2013;9(1):e1003225. doi: 10.1371/journal.pgen.1003225. Epub 2013 Jan 31.
Loci associated with N-glycosylation of human immunoglobulin G show pleiotropy with autoimmune diseases and haematological cancers.
这个tagSNP跟自身免疫疾病和血液系统癌症高度相关。
注:旁边有tagSNP有什么意义?
SNP是分布在动物基因组中非常常见的一种分子标记。在人体中每1000bp就可能有一个SNP。需找SNP的目的是为了做连锁分析,在现在先进的技术里,还可以做全基因组关联分析(GWAS)。然后说说标签SNP(tagSNP),这个涉及到单倍型的问题(对单倍型稍微讲解一下!三个SNP假定是G、C突变,G、T突变和A、T突变,但不是说这些突变在单倍体染色体上里是随意组合的,而是趋向于一种组合方式,比如一条染色体是GGT,另一条是CCA)。因为在基因组中,有些区域是较为紧密连锁在一起的,这个区域可大可小,组成一个单倍型框,在区域里也会存在多多少少的SNP。人们没有必要把这些SNP都找出来,因为它们往往就像是捆绑在一起的。于是从中选出一个代表性的SNP,它可以反映这个区域的情况。然后就方便人们继续做关联分析!继人类基因组计划之后,还做了单倍型的图谱。这也是标签SNP的应用。
有了这些GWAS tagSNP或连锁区域的SNP信息,还可以用关联的疾病给lncRNA-seq的差异表达lncRNA做富集分析!
SNP造成的lncRNA高级结构的改变
新的结构:
SNP位点对miRNA binding的影响
靶向结合lncRNA的miRNA:
SNP位点使得lncRNA获得新的miRNA结合
SNP位点使得lncRNA丢失了miRNA的结合
手里有肿瘤组织,想做lncRNA-seq?一定要结合SNP分析一下,别错过找到新biomarker的机会。
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